早在八百年前，人类的欲望催生出21枚核心硬币。凡是得到硬币的人，必将获得巨大的力量。2011年6月，德国图林根州，鸿上基金会的会长鸿上光生（宇梶刚士 饰）率领探险队深入图林根州某森林的腹地，经过不断地勘测和挖掘，终于找到了核心硬币的埋藏点，却无意间解开了尘封数百年的封印，而且也使森林和东京的新宿发生对调。伴随着巨大的变动，无数中世纪士兵从山洞中走出，展开残酷的杀戮。偶然路过附近的火野映司（渡部秀 饰）与泉信吾（三浦凉介 饰）卷入混乱，与武士们展开战斗。在武士的身后，是有着强大能力的炼金师盖拉（酒井美纪 饰），她复活后发誓成为成为新世界的主宰——奥兹（OOO）。
　　混乱中，所有的人都被卷入德川八代将军吉宗（松平健 饰）所在的江户时代……

故事发生在2029年，被病毒袭击的日本陷入了混乱之后被名为“GHQ”的暴力组织全面接手，政府逐渐成为了傀儡。在这样动荡的大环境下，樱满集（梶裕贵 配音）只是一名平凡的高中生，过着属于他的平凡生活，直到那个叫做楪祈（茅野爱衣 配音）的少女出现在他的眼前。祈的真实身份为“葬仪社”的成员，这个社团以从GHQ的手上夺回日本自治权为目标不断进行着危险而残酷的战争。在组织首领恙神涯（中村悠一 配音）的引导之下，集成为了组织的一员，结识了同僚筱宫绫濑（花泽香菜 配音）和鸫（竹达彩奈 配音）等人。随着战斗的升级，各种迹象显示出集似乎拥有着神秘的力量，而躲在诸多敌人背后的究竟是怎样强大的存在，众人无从而知…

在与帝爱组会长兵藤和尊（津嘉山正種 配音）的对决中，伊藤开司（萩原聖人 配音）马失前蹄，欠下对方高达一千万日元的债务。由于无力偿还，开司被帝爱组投入地下的设施内进行强制劳动。在接下来的15年里，他将毫无希望地在这所人间地狱内工作直到还清所有帐务。而逃出这里的唯一希望就是那张“1日外出券”。地狱有地狱的法则，外出券需要付出相当大数额的代笔来获取。为了那一线希望，开司再次投入赌局之中。相比地上世界的赌坊，这里充满了更多的欲望、贪婪、诱惑以及罪恶。对开司来说，这无疑是一次刀尖上的舞蹈……本片根据日本漫画家福本伸行的原著改编。

　　為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。

　　并不平静的一天，变身为假面骑士OOO的火野映司（渡部秀 饰）协同伙伴Ankh（三浦凉介 饰）与修卡战斗。谁知关键时刻，战局突然发生意外，一列时空列车DenLiner不期而至出现在二人面前。他们见到了可以变身为假面骑士电王的幸太郎（樱田通 饰），为此大为惊讶。二人趁乱登上列车，然而列车长严厉禁止他们下车，以免扰乱历史走向。列车回到了1971年，假面骑士电王与异魔神展开输死决斗，而就在此时，Ankh偷偷留出车厢寻找硬币，最后被映司等人抓了回来。当他们重返自己所处的时代，发现整个世界已经天翻地覆，修卡前所未有壮大，几乎统治了全世界。
　　不肯认输的映司和Ankh与修卡展开战斗……

　　宇宙帝国“残虐”的舰队突然进攻地球，为了守护爱与梦、和平与人类的笑容，34支超级战队集结迎战，成功将残虐击退，但力量也从此消失。
　　时间流逝，残虐再次侵略地球。此时，为寻找最大宝藏的5个宇宙海贼来到了地球，并举起反对残虐的旗帜，他们就是海贼战队豪快者！

　　青井和哉（市来光弘 配音）是一个善良平凡的少年，姐姐青井和叶（能登麻美子 配音）的死却永远的改变了他将来的道路。袭击和叶的，是一种名叫“NOVA”的异次元体，为了替姐姐报仇，和哉进入了培养与异次元体战斗的战士的专门学校——杰尼提克斯学院。
　　在学院中，学员们被分为潘多拉与制御者两种类别，就这样，和哉结识了一群外表柔弱实力却异常强大的女孩子们。其中，被称为最强潘多拉的莎缇莱萨（能登麻美子 配音）最让和哉感到在意，在机缘巧合之下，和哉竟然和她结成了搭档。此外，还有外刚内柔的傲娇娘嘉涅沙（喜多村英梨 配音），神秘的西藏转学生拉娜林沁（花泽香菜 配音）等人。在战斗和学习的过程中，和哉下定决心，一定要揭开姐姐死亡的谜团。

　　在亚美斯多利斯期间，爱德华・艾尔利克（朴璐美 饰）和弟弟阿尔方斯（钉宫理恵 饰）遭遇了还有两个月就可以刑满释放的越狱犯梅尔文（森川智之 饰），结果发现对方拥有不输于艾尔利克兄弟的强大炼金术。根据梅尔文在监狱留下的蛛丝马迹，兄弟二人前往西方的大国古雷达调查。在这里他们的火车遭到神秘黑蝙蝠的袭击，同时也遇到了梅尔文寻找的少女茱莉亚・克莱顿（坂本真绫 饰）。一番混乱之后，他们相继来到位于地下的贫困之镇米洛斯。米洛斯是大国夹缝中的牺牲品，而她的人民也决定利用圣星的利用重新复兴祖国与民族……
　　本片根据荒川弘的漫画原著改编。